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    　攸關政府組織再造的「行政院組織法」，經過4、5個小時朝野協商後，終於三讀通過。行政院組織也將由37個減為27個，設立14部、8委員會、3獨立機關及1行、1院，行政院新的組織架構將在民國101年實施，這也是自民國38年至今，首度成功推動組織再造。

    　14部分別為內政、外交、國防、財政、教育、法務、經濟與能源、交通及建設、勞動、農業、衛生福利、環境資源、文化、科技部。

    　8委員會為國家發展、大陸、金融監督管理、海洋、僑務、國軍退除役官兵輔導、原住民族及客家。3個獨立機關為中選會、公平會、國家通訊傳播委員會；及1行的中央銀行，1院的國立故宮博物院。

    　同時為了讓行政院在組織架構上能夠彈性運作，可依需求，在行政院內設專責機構。另外，政務委員也由現行5至7人增為7至9人，為特任。

    　其中，科技部、文化部、環資部、衛生福利部及勞動部為新增。經建會與研考會整併轉型為國家發展委員會，並新設海洋委員會；體委會、國科會、經建會、青輔會、蒙藏委員會、原能會等都走入歷史。

    　有新的組織架構，業務範疇也有所增減，其中經建會功能整併入國家發展委員會，也將研考會的功能轉型納入。

    　也由於新的科技部、文化部、環境資源部的成立，經濟部與文通部業務也稍單純了點，像經濟部的水利署畫歸給環資部，經濟部也改名為經濟能源部，也就說有關能源政策，仍隸屬於經濟部。

    　而交通部也因為改為交通建設部，進而將工程會併入，但是增加業務的同時，也將原本在交通部轄下的氣象、國家公園等也畫分出來，成為環境資源部的新業務。

    　在朝野協商時，民進黨要求將金融產業畫歸財政部，但最後協商時，有關金融業務畫分並未列入行政組織法中。